在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
在艾倫他們居住的帕拉迪島之外，還存在一個其他人類居住的世界。當中一個國家「瑪雷」與其他各國爆發戰爭。陷入苦戰之際，他們決定要攻進帕拉迪島，把「始祖的巨人」搶過來。在這裏又看到另一羣孩子們拼命求生存的身影……。
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
据说，在这间边境公会中，有个只靠讨伐哥布林就升上银等（第三位阶）的稀有存在……一名女神官成为冒险者后，首次组成队伍出征，就在冒险中陷入了危机。而拯救了她的，正是那名被称为“哥布林杀手”的男人。 剑之圣女向哥布林杀手提出了委托，拜托他寻找动身前往歼灭哥布林后就一直下落不明 的千金剑士，于是哥布林杀手一行人来到了北方的雪山。不管是遭到袭击的贫穷村落或神秘的礼拜堂，以及这一次哥布林们的行动，这一切在哥布林杀手眼里都显得有些不太对劲。
