时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——
魔术师们为追寻实现一切心愿的愿望机「圣杯」，而召唤英灵借以彼此竞争的争夺战──圣杯战争。于日本这片土地举行的第五次圣杯战争终结后数年，美国西部雪原市(史诺菲尔德)出现下一场斗争──那是充满虚伪的圣杯战争。 聚集于虚伪台座的魔术师与英灵们。即使深知这是场虚伪的圣杯战争──他们仍旧在此之上不断舞动。真伪即在遥远的彼岸。并非为了圣杯──也非为其他任何事物，而是为贯彻他们自身的信念。然而就在此刻，注满容器的究竟是虚伪或真实，还是说…… TYPE-MOON高人气视觉小说「Fate」，由成田良悟所描绘的新篇章！
かつて人間界を恐怖に陥れた 妖邪界の封印が解けると、 数多の妖邪兵が侵攻を開始した。 人類の危機に駆けつけたのは、 若き五人のサムライたち。 その名は、 サムライトルーパー！！ 彼らの闘いの日々が、 新たに幕を開ける！
