时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
某年夏天，6岁小女孩竹川萤来到爷爷家度假，她闯进了传说住满妖怪的山神森林。正当她因为迷路而焦急万分的时候，一个戴着狐狸面具的大男孩出现在她面前，并引领着萤找到回家的路。虽然萤分外感激，可是男孩却禁止她碰触自己的身体，原来这名叫银的男孩并非人类，他一旦被人类碰触就会烟消云散。在此后的日子里，萤和银成为好朋友，他们走遍了森林的每一个角落玩耍。日复一日，年复一年，每到夏天的时候萤就会如约来到森林和好朋友见面。她遵守着和银的约定，无论如何也不碰触银的身体。随着年龄的增长，萤和银对彼此的情感都悄悄发生了变化，他们共同期待相聚的日子，共同期待拥抱对方…… 本片根据绿川幸的原作改编。
魔术师们为追寻实现一切心愿的愿望机「圣杯」，而召唤英灵借以彼此竞争的争夺战──圣杯战争。于日本这片土地举行的第五次圣杯战争终结后数年，美国西部雪原市(史诺菲尔德)出现下一场斗争──那是充满虚伪的圣杯战争。 聚集于虚伪台座的魔术师与英灵们。即使深知这是场虚伪的圣杯战争──他们仍旧在此之上不断舞动。真伪即在遥远的彼岸。并非为了圣杯──也非为其他任何事物，而是为贯彻他们自身的信念。然而就在此刻，注满容器的究竟是虚伪或真实，还是说…… TYPE-MOON高人气视觉小说「Fate」，由成田良悟所描绘的新篇章！
在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
