在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。 从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。 但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。 获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。 但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。 魔法少女的战斗没有结束——
帝国历四八六年，宇宙历七九五年的二月，帝国军为报复去年末同盟军的大规模进攻，而以米肯贝尔加元帅为司令，组成拥有大小三万五千四百艘舰艇的讨伐军。同盟军则展开了三万三千九百艘舰艇的迎击阵容，以罗波斯元帅为司令。其中同盟军第十一舰队司令何兰多中将率军长枪突入帝国军阵线，左冲右击，战果丰硕，不料，他却遇上了莱因哈特......
