2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
庆长19年，73岁高龄的德川家康为了第三代将军继承人人选的问题而烦恼。是愚笨的哥哥竹千代，还是天资聪慧的弟弟国千代。在这乱世里第三代将军的继承问题落到了两大忍术宗家－－甲贺流和伊贺流的身上。家康决定由两家各派出10名最优秀的忍者（真人电影版中为各5名），进行一场生死大对决，两派之中幸存下来的一方将得到千年的荣禄，并由其支持的一方继承人继承将军的名号。
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
