ネオ・トーキョー・シティーのベイエリアに世界最高の高さを誇る「ネオ・トーキョー・タワー」が完成した。大展望室では落成セレモニーが行われ、また地上では見物客で賑わうパレードが繰り広げられていた。そんな賑わいの中、突如として羽虫型爆弾メカが大量に現れ人々を襲い始め、同時にテロ集団「暁の陽炎」が現れて、知事を含むパーティー客たちを人質に展望室に立てこもった。彼らの要求、「服役中の同志の解放」「活動資金」「逃走用VTOL」が満たされなければ人質の命はない。タイムリミットはたったの2時間。ポリスタウンの長官はマキに≪WARRIOR≫の出動を要請する。利緒、真弥、ユージ、リリカ、ナンベルのメンバーは現場へ向かうが、一方で人質の中に紛れ込む謎の女「ルビー」は、騒動を利用して密かに「計画」を進めていた。
为了整理外婆的遗物，主人公鹰原羽依里在暑假独自来到了鸟白岛。 走下一天只有几趟的渡轮，他遇见了一位少女。她任凭海风吹拂着发丝，只是眺望着……那水天相接的边境。回过神来，那位少女不知已经去往何方。羽依里似乎有些怅然若失，但他还是向外婆家走去。 有一位羽依里的小姨住在外婆家，她已经开始在那里整理遗物了。羽依里帮忙整理着充满着外婆回忆的遗物时，也逐渐适应了初来乍到时让他无所适从的“岛上的生活”。 在都市生活中无法体会到的，与大自然的邂逅。这样的岛上生活，能让他想起曾经遗忘的，值得怀念的点点滴滴。 与眺望着大海的少女相遇。 与迫寻奇幻蝴蝶的少女相遇。 与寻找回亿和海盗船的少女相遇。 与住在宁静灯塔的少女相遇。 在岛上结识了新伙伴——曾经想着，如果这个暑假永远不会结束就好了。
真選組魔鬼副長——土方十四郎的身邊來了一個名叫佐佐木鐵之助的二打六。 這位鐵之助雖然來自幕府中菁英輩出的名門——佐佐木家，卻是個眾人束手無策的問題兒童，被各署踢嫌棄，最後被送來了真選組。 面對態度輕浮的鐵之助，土方雖然感到煩躁，卻還是努力保持理智，一直照顧他。就在某一天，遇見了在警察當中算是集結了眾多菁英的組織「見迴組」的局長——佐佐木異三郎。異三郎是鐵之助同父異母的哥哥，卻藐視鐵之助，叫他「不成材」或「二房之子」。 土方聽了動怒，直接挑釁異三郎。 因為他將找不到容身之處的鐵之助，與曾經是無可救藥的自己重疊在一起。 鐵之助得知了土方的過去，洗心革面，下定決心要以土方為目標，變得更強。 土方託付他幫忙寄送重要的信件，鐵之助全力要完成任務，卻在路途上被激進攘夷集團——知惠空黨綁架了。 他們的目的是抓走與警察有關係的鐵之助，當作人質，一口氣擊垮真選組與見迴組。 然而見迴組毫不理會人質，擊潰知惠空黨，甚至還企圖將責任全推到託付了鐵之助的真選組。 知道他是為了將知惠空黨一網打盡，將自己的弟弟當作道具利用，使土方激動不已… 真選組與見迴組即將爆發全面戰爭！！
