艾可魔法少女由音乐，魔法，美少女三大元素构成，主要讲述了3位新海学院6年级的转学生，其实是来自神秘乐之世界的音乐魔法少女，她们在暗中对抗着邪恶的噪音魔王，悄悄的维护着世界的安宁与和平。
讲诉了超人气漫画家因为其漫画《驭灵师》而名声大振，多年后却因江郎才尽，只能依靠不断的抹杀笔下人物来博取眼球。某天漫画家收到了一通神秘电话并将其吸收穿越进入了《驭灵师》 的世界，转生到了一个叫王小明的角色身上。于是这位拥有“创世者”思维的王小明便与自己笔下的人物一起开启了“神之捷径，一步登天”的奇幻之旅。
热爱冒险的14岁少年翔锋，在一次野外探险的时候闯入了外星侵略者和地球联合军的战场，在躲避攻击的过程中跌入神秘山洞，遇到一个被水晶封印的神秘少女，并意外触发洞中的远古遗迹机关唤醒了沉睡的少女灵心，被吸进入异空间的翔锋获得了凝聚星球意志的星魂之石和召唤咒语。回到现实的他遭到机兽的追杀。在危急时刻星魂之石发生共鸣，翔锋念出咒语唤醒星球的意志，意志能量附着在一辆废弃的跑车上，变形成为红色的机器人——烈空焰，轻松击退了外星机兽。烈空焰是为了守护星球而诞生的6个星魂战士的其中一个，它的主人就是唤醒它的少年翔锋。从此翔锋肩负起守护地球的艰巨责任，他和烈空焰一边寻找唤醒其它的星魂战士，一边和外星侵略者派出的各种敌人展开激烈战斗……
2050年，太平洋深处孤岛的猩红别墅里，一群失忆女孩被圈养，唯有编号12的安晓尚存一丝本能。一次意外，她在储藏室撞见尸骸，唤醒了对自由的渴望，与执念寻找失踪姐姐（编号07）的林溪结成同盟。别墅主人莉娜被医生李鸣精神控制，以“被选中”为诱饵，推行末位淘汰规则。夜间“吸氧”实为记忆唤醒药物，安晓频繁梦见过往。编号5的女孩被带走时，甩出一枚鸢尾发夹，林溪认出是姐姐同款，探寻决心更甚。安晓自伤求医时，发现李鸣处有与自己相似的女孩照片，身世成谜。二人潜入储藏室，揭开“活体供体”真相——女孩们的激素被卖给富豪，林溪姐姐已因激素衰竭被“处理”。理念分歧让二人决裂，林溪独自刺杀莉娜，却得知安晓是莉娜的女儿，也是李鸣培育的“完美供体”。殊死搏斗中，林溪护安晓被麻醉，莉娜奋力护女，安晓恢复记忆后彻底反抗，这群女孩终在守护与救赎中破茧重生。
魔法王国的公主希娅拥有独特的宝石眼，她发现自己的梦境似乎能预言未来——在十八岁生日当天，她被卷入一场惊天阴谋，父亲险些因黑魔法丧命，自己也被放逐远方。随着希娅长大，命运中的人物相继出现，内敛冷酷的父王、自恋毒舌的魔法师、忠心耿耿的骑士、温柔腼腆的公爵独子、渴望亲情的女孩……勇敢善良的希娅能否逆转命运，守护自己和所有珍爱之人呢？
