本片根据张乐平先生同名漫画《三毛从军记》改编而成。 在战争时期，无家可归的三毛参了军。新兵训练开始，矮小的三毛穿着“巨大”的军服站在队列中，显得十分滑稽。军营的生活让三毛一时不能适应，还有一些人故意捉弄三毛，让三毛闹出了许多笑话。但是，三毛凭借自己的机智、勇敢，努力地在部队中生存了下去。三毛做过勤务兵、炊事兵，做事十分勤奋，但也常常好心办坏事，好在部队中有很多善良的人帮助他，克服难关。 作战期间，三毛虽然个子小，但是有勇有谋。歪打正着，虽然闹了些笑话，出了些洋相，但在紧急关头，却也立了大功，成了小英雄。
收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡（玄天邪帝），并且开始了对玉岛国（玉龙国的姊妹国）进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了......
故事发生在长白山深处的一座神秘村庄——本草村，这里的居民是一群无忧无虑的小精灵。我们的主人公参宝，和他的朋友们——萝卜、茸仔、乌拉草以及小女孩糖糖，一起过着幸福快乐的日子。可是有一天，一个飞碟坠落在长白山上——喜欢破坏美好事物的外星人拉比来了，他的到来打破了本草村平静而快乐的生活!参宝和他的伙伴们用自己的力量，与外星人展开了一场斗智斗勇的保卫战，最终找到了与他们和平共处的办法。
