《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
猪猪们发现猪猪星变得混乱无序,竟然是因为被独孤博士移植很多的世界块块。为此，猪猪们耍起功夫，不断冲破独孤博士和他们手下带来的各种阻碍，前往每个世界块块内寻找世界引擎，阻止新世界块块的到来。
以竞技陀螺闻名的F市陷入了空前的危机之中，整个城市的陀螺高手被阴谋家巴斯吸引到梦境之城。以云晓虎为首的劲爆战队肩负起拯救城市的重任，他们踏上了充满艰辛的修炼之旅。在人迹罕至的神迹大陆，闯迷宫、答谜题、与机关斗智斗勇，对抗巴斯派出的追兵。最终，劲爆战队战胜了巴斯，让F市重现光明。
导游事业屡屡不顺的光头强偶然捡回丢失的缩小手电筒，为吸引游客他建造了一个微观乐园。正当他带着缩小后的两熊去体验微观乐园时突遇暴风雨，缩小手电筒意外丢失了……
当今朝廷大肆招揽穿越者，根据他们的才能予以各种职位，改变当下落后的文明，试图创造新世界。身为旁门少主的左云起，为拯救父亲，伪装成穿越者混入朝廷。却被专业鉴别穿越者人士楼主识穿，两人斗智斗勇，闹出百般笑料，最终达成了合作共识。就在两人共同阻止了一场惊天阴谋的同时，发现穿越者偷偷建立了联盟，试图推翻当权者，建立和平共处新社会，左云起一行人被迫参与其中，卷入这场争夺之战。
