女娲娘娘为了造福人间，创造出了能够帮助人类的神兽，哪知道邪恶而又贪婪的元始天魔利用了善良的神兽，将它们污染变为了残暴的魔兽，驱使它们祸害人间，企图就此成为统治世界的霸主。 问天（马小冀 配音）是南宫城城主的儿子，一次偶然之中，他得到了神兽天晶兽（王凯 配音），让问天没有想到的是，天晶兽竟然幻化成为了神兵，拥有着足以打败魔兽的强大力量。与此同时，问天的妹妹问雅（刘旭莹 配音）从母亲的血脉里遗传了净化之力，能够净化遭到黑暗力量侵蚀的神兽，在兄妹两人无间的配合之下，正义的势力逐渐的壮大起来。元始天魔眼看阴谋无法得逞，于是召唤出了更加强大的敌人玄天邪帝。
罗征原本是罗家的少家主，可因家族内乱，父亲被害，沦落成任人殴打的“肉靶子”，迷茫之际，意外获得一门炼体神功“太上炼器法”，将自己炼成了一件兵器，此后，竟然依靠“挨打”逆袭改命，从一个小小的家奴一步步成长为万众瞩目的绝世天才。然而，就在他最辉煌之时，却忽然发现自己的人生就像一个剧本，每一步都似乎被某种神秘力量精心安排好了一样……他能否看破自己的命运之谜？书写属于自己的成神之路呢？
无极之渊大战后，破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任，力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印，而破阵则希望重铸神坠以加强封印，辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
