一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时，收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂（Ghost Eyecon）后，来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物，甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身，成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂，投身于影响世界命运的战斗中。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
憧憬宇宙、不擅长表达的少女小之星海果，遇见了自称外星人、有心灵感应能力的少女明内幽。想去太空的海果和想回太空的小幽，想要用自己的双手建造可以飞去宇宙的火箭，故事就此展开。
现国（近藤孝行 配音）是一名平凡的普通青年，某一日，他来到了青锖学园任教，哪知道等待着他的，却是一段他怎么也想象不到的奇遇。原来，在这所学校里就读的学生们，每一个人都是一种枪械的化身，其性格亦反应了对应枪械的特性，在这里，现国会遭遇怎样的故事呢？ 外表乖巧可爱但到关键时刻就会暴走的芬子（野水伊织 配音）、身材姣好容貌秀丽却说着一口关西话的一六（富樫美铃 配音）、喜欢这芬子的希格（作图元相知 配音）、娇小可爱沉默寡言的艾儿（味里 配音）、有着双重人格的阿玖（古谷静佳 配音），在这些女孩子，或者说是枪械的包围下，现国的日常就此展开。
