西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。 一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。 为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。
在二次元中，高中生桂木桂马（下野紘 配音）拥有着耀眼的“攻略之神”的名号，年仅17岁的他，就以曾经攻略过10000名女性的光辉事迹闻名于宅男圈，当然仅限于在游戏中。可是现实里的桂马，却是一个个性极为冷漠的少年，对于三次元的女性完全打不起精神。某一日，一个叫做艾露西（伊藤加奈惠 配音）的可爱少女出现在了桂马的面前，艾露西告诉桂马，她是来自冥界的恶魔，此次前来是为了请求桂马帮助她完成她的使命——驱魂。而驱魂的最好方法，就是使被驱魂者陷入恋爱的状态中，而攻略之神桂马，毫无疑问成为了这使命的最佳帮手。 桂马答应了艾露西的请求并和她结下了契约，没想到，这契约居然还关系着桂马的性命！于是，对于桂马来说，把妹，居然变成了一件十分危险的事情。
