故事发生在数百年后的公元25世纪，那时，人类的居所早已不在仅限于地球，越来越多的空间跳跃门连接着各式各样的行星。在科技和运输正在高速发展的同时，以经济贸易为幌子的罪恶行径也在滋生，因此而引发的行星之间的战争从未间断。因此，一个维护宇宙秩序的组织“宇宙行星联合会”成立了。 在联合会中，有一个秘密的小分队，人们称之为ES member，队员们在身怀绝技的同时，也有着过人的智商和勇气。 性格开朗的艾克蕾尔（永田亮子 配音）就是秘密小队中的一员，她以其卓越的力量和速度成为了小队中的中坚分子。作为艾克蕾尔的搭档，琉米爱尔（平野绫 配音）虽然有着娇小的体型，但她特有的能力是其他人所无法替代的。站在她们敌对方的，是那些在宇宙中臭名昭著的诈骗犯和恐怖分子，这两个柔弱的女孩能够顺利完成她们的任务吗？
2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
