演奏会结束，三年级前辈正式引退，社团开始了换届。 连霸八年全国大赛的海幕高中，今年的目标是九连冠。然而换届第一天，社团很多人不来参加晨练。 打击乐部长质疑阿一的实力、乐器组不满新组长的人选、新乐团首席不得人心……全国大赛在即，人心涣散的管弦乐部该如何应对换届的风波？
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
107年前（743年），世界上突然出现了人类的天敌“巨人”。面临着生存 单行本封面 单行本封面(13张) 危机而残存下来的人类逃到了一个地方，盖起了三重巨大的城墙。人们在这隔绝的环境里享受了一百多年的和平，直到艾伦·耶格尔十岁那年，60米高的“超大型巨人”突然出现，以压倒性的力量破坏城门，其后瞬间消失，凶残的巨人们成群的冲进墙内捕食人类。 艾伦亲眼看着人们以及自己的母亲被巨人吞食，怀着对巨人无法形容的憎恨和痛恨，誓言杀死所有巨人。城墙崩坏的两年后，艾伦加入104期训练兵团学习和巨人战斗的技术。在训练兵团的三年，艾伦在同期训练兵里有着其他人无法比拟的强悍精神力。即使亲眼见过地狱也依然勇敢地向巨人挑战的艾伦，如愿以偿加入了向往已久的调查兵团。 在他正做着到墙壁的外面去这个梦的时候，毁坏墙壁的超大巨人出现了。
“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!
经过重编的新故事，分上集《背叛之翼》和下集《太阳之翼》播出，剧情与TV版完全不同。
