随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
#1 夏モニカ計画 ライブの予定いっぱいな夏休みが近づき、意気込むMorfonicaメンバーたち。 そんな中、透子は七深とつくしも巻き込んで「夏モニカ計画」を企むが…？ #2 Shining days 中学時代の同級生との再会でショックを受けるましろ。 そんなましろの力になりたいMorfonicaメンバーたち。 夏休みが始まり、新曲制作という名目で「月ノ森合宿」を決行する。
