为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
拿到这本由死神琉克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“基拉”（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到基拉出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查基拉事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为基拉是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“基拉你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战基拉。基拉和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
结城梨斗（渡边明乃 配音）尽管沉默寡言，但拥有一颗温柔善良的内心。内向的他暗恋名叫西连寺春菜（矢作纱友里 配音）的女孩，然而，他选择了把真挚的感情藏在心底，只是偷偷看着她已解相思之苦。 终于，梨斗再也无法抑制内心的感情，他鼓起勇气，决定向春菜告白，然而，一连串意外的发生让他的告白对象变成了名为菈菈（户松遥 配音）的女子，更加匪夷所思的是，菈菈的真实身份竟然是戴比路克星的外星公主。就这样，梨斗开始了和菈菈“斗智斗勇”的生活，随之而来的不仅仅是接踵而至的各路麻烦，竟然还有尾随菈菈而来的危险外星杀手，面对这样的险境，梨斗还能愉快的玩耍吗？
在遥远的东海海域，曾经有一位人称黄金大海贼的海盗名叫邬南。他从来不欺凌百姓，只与其他邪恶的海贼拼杀，并由此聚敛了堆积如山占世界总量三分之一的黄金，他的财富可以将夜晚照得亮如白昼。邬南将这些黄金藏在一个不知名的小岛上，随后不知去向。众海贼们无不垂涎于那座黄金山，而邬南手下当初绘制的藏宝图更成为海贼们竞相追逐的对象。 再次遭遇饥饿困扰的草帽海贼团遇到了一心脱离贫困的小男孩飞男，从他的口中，路飞得知了邬南及其黄金岛的秘密，于是决定向小岛进发。与此同时，邪恶的海贼黄金龙也正驾船接近小岛。多支人马在小岛相遇，看来一场精彩拼杀在所难免……
在一个阳光明媚的日子里，草帽海贼团的伙伴们正在某个海滩悠闲度假。然而泊在岸边黄金梅利号就在他们鼻子底下被人偷走。一个礼拜后，他们仍旧灰溜溜地在海上漂泊。正在为难之时，路修等人遇见小毛贼博洛德和阿基斯。这二人正打算前往发条岛盗取名贵的钻石钟，而黄金梅利号很可能就是盘踞岛上的扑克牌海贼团所窃。不久他们遇见扑克牌海贼团的船队，然首次交手便告失利，娜美更被对方虏去。为了找回船和同伴，并得到钻石钟，草帽海贼团与盗贼兄弟燃气斗志，向发条岛挺进…… 本片根据日本漫画家尾田荣一郎的同名原著改编，是2001年上映的第二部动画剧场版，尾田同时担任作画监督。
