2045年、歌が禁じられた世界──。 音楽を創造し、奏でることは人間の代わりに 音楽アプリ《MiucS》がその全てを担っていた。 少女?相葉芹亜は友人たちと出かけた先で、 禁じられているはずの歌声を耳にする。 歌声の先で芹亜が目にしたのは、一人のゴーストだった。 この世の外から顕れた偉人──"グレートゴースト"。 霊能力者集団──"ＴＥＲＡ"。 そして響く──"憑依鎮魂歌"。 「これは、私がゴーストになるまでの物語。」
“喂，我很轻浮吗？”
凉某天被青梅竹马的消防员飒马拜托参加联谊。这样轻浮的男人并不在凉能够接受的恋爱对象之内……凉这样想着，但某一天，公寓遭遇了火灾，凉决定住飒马的房间！在一个屋檐下，要提高警惕尽可能地保持距离……但看到飒马从火灾中救她时所受的伤，凉不由得靠近了他——
明明和这家伙做青梅竹马就好了。但第一次看到他那火热的眼神，已经…无法拒绝——
由于意外事故而在异世界转生，热爱游戏的家里蹲·佐藤和真， 与“在如同RPG游戏一样的异世界，享受憧憬的冒险者生活！目标勇者！” 这样的梦想失之交臂，但也总算是有模有样地开始在异世界生活。 作为转生的特典被他带来同行的女神·阿库娅。每天只能击出一发魔法的大魔法师·惠惠。攻击总是打不中的十字骑士·达克妮丝。与虽然能力很高却残念到无可救药的3名队友一起，总算是习惯了每天做任务的生活。 ——就在这样的某一天。在为了从机动要塞毁灭者的威胁当中拯救阿克塞尔镇的和真一行人面前，来自王都的使者宣言道。“冒险者，佐藤和真。你现在被怀疑犯下颠覆国家罪！”……平凡的冒险者·和真所度过的异世界生活将迎来怎样的明天！？
——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢 逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。 另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
