《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
渡劫期魔尊白泽渡劫失败，竟重生为青云宗一只毫无灵力的熊猫幼崽！绑定三界羁绊系统，需靠徒弟爱慕值才能恢复人身。他被迫卖萌躺平，被五位性格迥异的女徒弟宠到rua秃，却暗中凭魔尊实力与系统技能，打脸万象宗、赌石暴富、宗门大比横扫全场。身份曝光后，他率徒弟反出伪正道，建立神兽魔宗，集齐五行灵珠对抗上界仙帝。徒弟献祭护他，羁绊爆发轰碎仙帝投影，最终携宗门霸气飞升，却意外变蛋开启异界新篇！
中国某朝代的皇太子一次民间出巡，邂逅了一位民间女子，并生下一个女儿，但却适逢盗贼作乱，皇太子与母女俩失散多年。数年后皇太子已登基为皇帝，与女儿重逢后发觉女儿在民间流落多年，沾染了民间市井之气。皇帝决定将女儿重新教导成一个高贵的格格。但格格早已习惯自由自在的生活，她那顽皮捣蛋的可爱性格却为严肃乏味的皇宫带来了新气象，故事由此而起。
天离殿主厉天元，作为执棋者，不惜背负一切仇与恨，带领天离殿众人反抗命运，以构筑平等世界为愿景，尝荆棘之苦，为后世铺绿荫之路。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
