為了與犯罪組織古萊姆（クライム）對抗,國際科學特搜隊的鯨井大助決定組織一隊改造人部隊，最後他找到接受手術的四人，分別是：櫻井五郎、東竜、嘉琳·水木（カレン水木）及大地文太。四人背負著改造人失去肉體的痛苦，與古萊姆周旋。 後來因古萊姆引入了侵略機械人，把目標由犯罪轉變成征服地球。因此皇牌突擊隊亦加入了行動隊長Big 1（ビッグワン），令戰況更加白熱化。
被誉为世界最强魔法使的【贤者】盖亚斯，对自身的纹章感到了极限，没办法变得更强。他为了改变自己的纹章而采取的手段——那就是通过转生获得新的生命！他在遥远的未来世界转生，得到了他所追求的“最适合魔法战斗的纹章”以及马丁亚斯这个名字。然而，这个纹章不知为何在这个时代被称为“失格纹”……在当代，魔法衰退，低水准的魔法理论是构成世界的基础。魔法战斗中最强的“失格纹”以及兼具贤者智慧的少年马丁亚斯，将不断打破世界常识！异世界纹章幻想谭，现在开幕！
21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。 从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。 但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。 获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。 但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。 魔法少女的战斗没有结束——
虽然说青春期的男孩子对女孩子感兴趣是极为正常和健康的事情，但少年横寺阳人（梶裕贵 配音）显然已经超出了正常的范围，在他的脑子里，除了妹子外别无他物，就连加入田径社这么热血的事情，也只是因为可以看见游泳社的女孩子们穿泳装。田径社社长似乎想把自己的位子传给阳人，而阳人温吞的性格导致他根本无法拒绝。 当好友告诉阳人向不笑猫像许愿可以解决烦恼的时候，阳人仿佛看到了新的希望。在前往许愿的途中，阳人遇到了少女筒隐月子（小仓唯 配音），她也是赶来向不笑猫像许愿的。就这样，阳人和月子的愿望实现了，前者丢掉了“表面功夫”而后者再也说不出“真心话”了。实现愿望后的生活并不如想象般的美好，在吃尽了苦头之后，阳人和月子决定联合起来，誓要取回他们失去的东西。
