2012年日蚀的一天进行名为“魔宴（Shabbat）”仪式，从而诞生出魔物“魅影（Phantom）”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还，如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
“我无法成为，在数学道路上发现这个世界真理的人……”立志成为数学家并以数学奥林匹克为目标的遭遇挫折的数学少年·岳。在奖学金被中止、靠学校饭堂打工来挣学费的虚度光阴的日子里，岳突然遇到了一位天才厨师。当“数学”与“料理”交错之时，通往未知的美食世界的帷幕拉开了——！！
一早就前来诱惑的朱乃、急速接近的小猫、以及越来越积极的爱莎，莉雅丝对3人燃起了对抗心。处在过激争夺战中心的一诚，尽情享受着幸福的色情生活。 在享受平稳日常的另一方面，超自然研究部成员也逐步准备着与巴力家的排名游戏，以及一诚等人的修学旅行。 修学旅行的目的地，是存在着不同神话体系的京都。一诚等人对观光充满期待，但他们刚一到达就被卷入了祸之团一派与栖息于古都的妖怪们之间的纠纷。一诚为了守护莉雅丝所爱的京都，而摸索新的“可能性”……。
