故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
完美的我为什么…会对什么老土男兴奋啊…！？放荡自恋男×脱下衣服很煽情的邋遢男，倔强的 BL 开幕！──梶虽然表面工夫既好又是人气王，私底下却会帮他人打分数、看不起别人。他不断追求理想，寻找有没有配得上自己的最佳完美 0 号。一日，他不得不和不起眼的同事・深见一起外宿出差。唯有这家伙，就算我们单独 2 人到了无人岛上，我也不可能会和他做──他原本是这么想的，但是刚洗完澡深见却可爱又…性感到，让他怀疑自己看错！？顺势被拥抱的身体别说是 0 分了，根本是 100 分满分…！
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
在从便利商店回家的路上，突然被异世界召唤的少年菜月昴。在无法依靠任何东西的异世界，无力的少年手唯一的力量……那是“死去然后重新开始”的力量。为了守护最重要的人们，为了取回确实存在着又无可替代的时间，少年抗拒着绝望，勇敢地面对着残酷的命运。（本次新编集版在第一季动画基础上追加新场景，以2话合并成1话的形式制作成单集时长1小时的特别篇）
起步太晚…？不管从几岁开始当冒险者、不管从几岁开始新事物…根本没差吧！ 『想成为冒险者，最好趁年轻比较好』可是那个男人却是过了30岁才开始。目标成为冒险者的里克‧古拉迪亚特尔，明明是个新人却有着与最高等级S级同等战斗力。 靠着由传说队伍「奥利哈康之拳」──这个从龙到吸血鬼，名符其实的「怪物」级师父们所操出来的战斗力，将那些小看他的菁英冒险者全都打趴在地。
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
想要过普通生活的中学2年生·影山茂夫，通称“龙套”。有着一瞬间就会混杂在人群中的不起眼外表的他，实际上拥有比任何人都要强力的超能力……这样的龙套与周围人们之间的青春与恋爱，静静地累积直至爆发的种种感情。以及，曾经阻挡在龙套面前的神秘组织“爪”的再临。正处青春期的少年的灵魂在咆哮，他的明天究竟会走向何方！？
