喜羊羊及灰太狼等一众守护者们为了提升能力，进入深山密林进行特训，他们分别找到了传说中的两所训练营，羊狼们分别进入不同的训练营，开始了各自神奇奇术和炫酷发明的训练生涯。训练过程中笑料频出，大家克服重重困难学到了本领，也建立起深厚的友谊，两大阵营联手迎击来自未知世界的反派，开启羊村守护者全新的篇章。
终于意识到自己是“大主角”的大师兄东方纤云，由于东方芜穹的误会，导致流落到了虚无之中。在同为穿越者的天道使者卜算天帮助下，东方纤云强制重生，再次被卷入正魔大战之中。大战愈演愈烈，看东方纤云如何力挽狂澜，我家大师兄终于靠谱起来了。
莫凡强势归来战火院，灼原火劫历沧桑。
魔晶学院近在咫尺，千瑞，御风和乌拉拉却被挡在了门外。失落的大家遇到了学长吉吉特，在吉吉特的帮助下，千瑞他们认识了绿色学院的长老天劫，还阴差阳错的获得了考试资格。大家一路过关斩将，顺利通过了五大长老严苛的考试，终于成为了魔晶学院的学生！然而当初答应天劫长老的要求，却让大家惹祸上身，一场大战在所难免。而魔晶学院16年前的秘密也逐渐被揭开。
《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。
