《科学小飞侠》这部动画的原作是吉田龙夫（漫画家出身，后来投入动画制作而成立龙之子制作，已故），由鸟海尽三与陶山智负责企划。本片当初是以与巨大机械战斗的低年龄向动作片为起点，但在导入公害、科学、战争等现实中的严肃题材，与亲情及角色过去的戏剧性，这些非儿童导向的故事都博得好评，因而得以将预定的一年播映期延长，并成为龙之子制作的SF英雄动画类型经典代表作。
春季的高中排球宫城县预选中， 在一番激斗后取胜，终于实现在全国大赛中出场这一夙愿的乌野高中排球部。 就在他们为全国大赛做准备的时候， 传来了影山受到全日本青年强化合宿召集的消息。 而月岛也受到宫城县一年级选拔强化合宿的召集。 同为一年级，对于差距感到不安的日向，擅自前去参加宫城县一年级选拔强化合宿，但……！？ 以全国大赛正赛为目标，日向、影山以及乌野高中排球部开始了更加艰巨的挑战——！！
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。 随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。
