作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
在遥远的东海海域，曾经有一位人称黄金大海贼的海盗名叫邬南。他从来不欺凌百姓，只与其他邪恶的海贼拼杀，并由此聚敛了堆积如山占世界总量三分之一的黄金，他的财富可以将夜晚照得亮如白昼。邬南将这些黄金藏在一个不知名的小岛上，随后不知去向。众海贼们无不垂涎于那座黄金山，而邬南手下当初绘制的藏宝图更成为海贼们竞相追逐的对象。 再次遭遇饥饿困扰的草帽海贼团遇到了一心脱离贫困的小男孩飞男，从他的口中，路飞得知了邬南及其黄金岛的秘密，于是决定向小岛进发。与此同时，邪恶的海贼黄金龙也正驾船接近小岛。多支人马在小岛相遇，看来一场精彩拼杀在所难免……
