魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵…… 缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
故事发生在私立希望之峰学园中，苛刻的入学条件和优厚的毕业待遇让这所历史悠久的学园笼罩着一股贵族和精英的气氛，只有超高校级的学生才有资格进入其中学习。今年，苗木诚（绪方惠美 配音）以“超高校级幸运”为由收到了来自学园的录取通知，奇怪的是，他平凡的生活中并没有遇到过什么幸运的事情，如果硬要说有的话，那就是此次的录取了。 这一届，包括苗木诚在内共有15名新生，均为各个领域内的尖端人士，而在开学典礼上，黑白熊（大山羡代 配音）的出现却让他们落入了永恒的炼狱。闭锁的出口，昏暗的空间，残酷的脱出规则，激烈的学级审判，只有双手沾满鲜血的人才能够成为最后的胜者重获自由。这一回，被称为超高校级幸运的苗木诚能够继续他的幸运吗？
在清洁公司工作的日比野卡夫卡，因与日本防卫队的希望之星一青梅竹马的亚白米娜重逢，重燃曾经放弃的防卫队梦想。然而，就在此时，他却意外变身为拥有强大力量的“怪兽8号”。在后辈市川莱诺的帮助下，卡夫卡一边隐藏真实身份，一边参加防卫队选拔考试。然而，在生活似乎步入正轨时，一场由高智商怪兽发起的防卫队基地袭击事件，彻底打破了平静。
