故事发生在一个架空世界，修仙类型。大陈菁贵妃诞下一对龙凤双胞胎，妹妹天生六指被视为不祥之兆、被外祖母私带出宫弃于芦苇荡，后被陈姓老剑客救起；哥哥额有朱砂痣、灵根深厚天资出众，被专门寻来的世外高人用计从皇帝手上骗走收为徒。兄妹二人一出生就被迫分离天各一方，面临截然不同的命运。若干年后，抚养妹妹长大的老剑客意外遇害，妹妹也被修炼邪术的方士虏获，而此时天赋异禀的哥哥修仙已有小成，心灵相通的兄妹俩在识海中相认，面对孤苦无依且一心苦练剑术想为爷爷复仇的妹妹，哥哥尽一切的力量守护。
因一场以利益交换为目的的联姻，太玄楼刺客江元与九璇宗圣女韶月奉命成婚。两人在洞房夜发起暗杀，却发现彼此皆是不死之身。为了得到对方宗门的秘宝御妖铃、镇魔钟，两人从死敌转为表面夫妻，虚与委蛇。但两人尚不知道，对方也是家园被“虚无”所毁的外星遗民。这对宿命伴侣在戒备与试探中结成同盟，不仅要寻找遗失飞船化做的秘宝，更要对抗虎视眈眈的整个修仙界，在危机四伏中寻找击败“虚无”的希望。
斗魂圣地一战之后，为了拯救枯萎的灵界灵树，六支浇灌灵树灵液化作灵树之种，由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。 谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击，镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心，在苍麟拼死牵制下，紫染带着灵树之种开始逃亡，在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。 得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心，斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。
罗刹街镇魂将曹焱兵和寄灵人夏玲踏上修复灵槐之路，羽林街镇魂将南御夫却受命缉拿曹焱兵，恰有菩提街镇魂将北落师门出面平息事态。但南御夫心怀鬼胎，北落师门与女孩水儿也暗藏秘密，曹焱兵和夏玲又将如何应对。菩提树下，三方命运交结，最终会涌至何处？
