高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子死后，妖怪为夺回名字，才纠缠夏目。只有把妖怪的名字还给他们，夏目才能恢复宁静的生活。为了回到宁静的生活，夏目与猫神拿着“友人帐”开始了寻妖之旅，一段段关于妖怪的感人故事，就这样被引出。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
时间是第一次拉达姆之战过后十年，人类已掌握铁加曼系统，并以第一次拉达姆之战中被素体化的人类为基础，着手重建铁加曼系统。而拉达姆不甘心上次的失败，派遣大量舰队驶向地球，在太阳系外围与地球防卫军展开激战。同时，为了对抗新的敌人，宇宙骑士队重组，并着手制造新的铁加曼。第二部中，由美，大卫，娜塔沙作为新的主角登场，而亚纪则成为新的宇宙骑士队队长，我们第一部的英雄D-BOY作为宇宙骑士队的灵魂，为人所知的仅是十年前一战与月球基地同时消失于天际这一残酷的事实。而故事即由此展开。
