本作是以《BLUE REFLECTION幻舞少女之剑》为原点，发展出全新「BLUE REFLECTIONPROJECT」而推出的电视动画。新的主角为积极且开朗、无法放任有问难的人不管的平原阳樱莉（CV：千菅春香），以及笨拙、不懂该如何与人相处的羽成琉夏（CV：石见舞菜香），宛如对比的两名少女相遇，让她们自己与世界都逐渐改变。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。 时间是公元2242年，失去记忆而沉睡的梅加斯，迎来了觉醒的时刻一-
