网球王子全国大赛篇:半决赛

在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。

伊出不登场。

随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。

月和L的初次见面的地方变更为放映室。

L想到了基拉对第二个基拉的回答。

松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。

在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。

L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。

部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。

三堂从建筑物坠落死亡。

纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。

奈南川是交通事故。

　　童年一次目击UFO的神奇经历，就此改变了南波兄弟的一生。2026年，弟弟日日人（KENN 配音）实现梦想，将随同NASA的同行一同登上梦寐以求的月球。与此同时，才华横溢且在汽车设计领域小有名气的工学博士哥哥六太（平田广明 配音）却因冲撞上司而被开除，更遭到全行业的封杀。倔强高傲的六太在求职道路上四处碰壁，情绪渐渐跌入谷底。就在这个关键时刻，弟弟当年的录音唤醒了他对“一同能上月球”的约定的记忆，六太重整旗鼓，参加选拔集训，与弟弟朝着童年的月球前进……
　　本片根据小山宙哉的同名原著改编，该片也于2012年被改编成真人电影版搬上银幕。

　　自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
　　到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。
　　另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Relian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……