在某个平凡的夏日，东京遭到了炸弹恐怖袭击。导致日本从平稳的睡梦中惊醒的犯人，仅仅是两个少年。自称为“斯芬克斯”的犯人们，将把全日本卷入一场壮大的游戏。
隶属于BASS的佣兵克里斯（凯文·道尔曼 Kevin Dorman 配音）奉命前往某处洋馆调查武器走私案件，哪知道在那里遇见了国际通缉犯格伦（约翰·德米塔 John DeMita 配音），两人交手数回合之后，格伦夺路而逃。 大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
时值2007年的秋天，北原春希（水岛大宙 配音）是一位就读于峰城大学附属学园的平凡高中三年级学生，为了替自己的高中生活划下完美的句号，春希加入了轻音乐同好社团。可是，惨淡的经营让这个本就默默无闻的社团几近崩溃，春希的美好愿望眼看着就要破灭。 一次偶然中，正在独自弹奏吉他的春希突然听到一段美妙的歌声，追寻着这声音，一个名叫小木曽雪菜（米泽円 配音）的女生出现在了春希的面前。雪菜是学校里的偶像人物，之后，雪菜经由春希的邀请加入了轻音部。紧接着加入的是能够弹奏一手好钢琴的女生冬马和纱（生天目仁美 配音），和纱的叛逆和不羁人尽皆知，可即便如此，春希还是热忱地邀请了和纱“入伙”。
