混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
在清洁公司工作的日比野卡夫卡，因与日本防卫队的希望之星一青梅竹马的亚白米娜重逢，重燃曾经放弃的防卫队梦想。然而，就在此时，他却意外变身为拥有强大力量的“怪兽8号”。在后辈市川莱诺的帮助下，卡夫卡一边隐藏真实身份，一边参加防卫队选拔考试。然而，在生活似乎步入正轨时，一场由高智商怪兽发起的防卫队基地袭击事件，彻底打破了平静。
结城梨斗（渡边明乃 配音）正派开朗，细心友善。一直以来，梨斗都暗恋着青梅竹马西连寺春菜（矢作纱友里 配音），可是，对于恋爱一窍不通的梨斗只是将这份强烈的感情深深的埋藏在心底。终于，梨斗再也无法压抑心中对于春菜的爱意了，再三地鼓起勇气，他决定向春菜表白。 一次偶然中，一位名叫菈菈（户松遥 配音）的女孩从天而降出现在了梨斗的面前，在阴差阳错之间，菈菈竟然成为了梨斗的告白对象，就这样，梨斗和自称是外星公主的菈菈开始了同居生活。也就是从这时开始，杀手暗影（福圆美里 配音）、菈菈的妹妹娜娜（伊藤加奈惠 配音）和梦梦（丰崎爱生 配音）等人接二连三的来到了梨斗的身边。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
