ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
时间为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但是，不料发生了“过了结束时间却还没有登出”的异常事态。NPC们开始以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。飞鼠为了寻找过去的同伴，以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。
“月读”是希望与梦想交会的虚拟空间，而舞台幕布将缓缓升起，见证几位少女在此谱写短暂却珍贵的相遇篇章。 不久的未来…… 东京的 17 岁高中生酒寄彩叶过着非常忙碌的生活，努力在打工和学业之间寻找平衡。她的纾压方式是观看很有人气的月见八千代直播，八千代管理名为“月读”的线上虚拟空间。 彩叶时常光顾月读，在那里可以体验不同的人生，自由挥洒创意。她就靠着支持八千代度过空闲时间，还会玩战斗游戏赚一点外快。有一天，在回家路上，彩叶发现一根电线杆闪耀着奇异光芒，没想到电线杆里竟然凭空冒出一个可爱的宝宝。彩叶没办法随手抛弃宝宝，只好把她抱回家，眼睁睁看着她迅速长成一个跟自己同龄的少女。 “你是辉耀姬吗？” 这是你绝对不曾看过的辉耀姬物语。
继53年之后的DCⅡ的故事顺利落下了帷幕之后，如今时间轴再一次回到了最初代的时间之前。芳乃樱是一位元气活泼的小学三年级女生，每天和好友朝仓纯一与白河小鸟一起到风见学园上学，不过在她的身上却有着大家不为人知的秘密……
