2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
在“幻影帝国”的猛烈进攻中的地球，光之美少女是世人共识的存在，人们不时从新闻中解了各小队所属的国家战斗。成为了‘最坏兽’攻击目标的“蓝天王国”公主----白雪 姬，在一次侵略之中逃到日本，在逃亡的过程中遇见了地球的守护神“蔚蓝”。蔚蓝赐予她成为光之美少女的使命，不过孤僻的小姬对于这份使命感到极为恐惧，于是她选择了逃避。蔚蓝于是再给予小姬一份称为“爱的结晶”的力量，让她能够寻找命运中的同伴。怕生的小姬真心想交到朋友，却不知道如何运用结晶，结果只想着“这个砸到的人就是我的朋友!”就把它丢了出去。就这样，「爱的结晶」砸中了人生中第一个朋友与伙伴－－爱乃 惠。
叶修成立兴欣公会，在第十区的公会斗争中大获全胜，创纪录地50级杀入神之领域，银武千机伞吸引了众职业选手们注意。嘉世视叶修为眼中钉，进入网游挑衅，却被叶修狠狠挫败。 叶修开始为成立战队做准备——拾荒混战中，结识拾荒高手毁人不倦；遭到各大俱乐部通缉，却与蓝雨前队长魏琛重逢；卧底霸图公会，发掘出牧师小手冰凉的才能。就在叶修率领新成员们，为参加挑战赛而努力训练的同时，嘉世的赛绩竟一落千丈，濒临出局！ 一旦嘉世出局，便会成为兴欣踏入职业圈的最大劲敌！叶修与嘉世老板陶轩，两位旧友的矛盾一触即发！
幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。 在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……
