完结季
漫画第17卷DVD限定版收录。
故事发生在诚教学园国中部，由于历史悠久的缘故，许多不思议事件在校园中广为流传。某日，少年新谷真一（代永翼 配音）迷失在了犹如迷宫一般的校舍之间，夕阳下，一个黑发少女的身影出现在了他的视线中。少女穿着真一没有见过的古老校服，空洞的眼神里充满了哀怨。难道，我遇见了幽灵？真一兴奋的这样想着。 原来，幽灵少女名叫庚夕子（原由实 配音），15岁那年不幸去世，因为失去了记忆，因此也想不起来究竟是如何死去的，为此苦恼的夕子这才每日徘徊在校园之中，成为了众多灵异事件的始作俑者。作为唯一能够看见夕子存在的人，真一成为了寻找夕子记忆的头号人选，一个名为“灵异调查部”的社团就这样成立了。
明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……
