199X年，世界被核火吞噬！然而，人类依然设法存活了下来！出现了一名胸前刻有七道伤痕的独行男人，他的名字是健次郎，北斗神拳的继承者。在这个弱肉强食的世界里，健次郎用他的铁拳开拓出一条道路！
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
继53年之后的DCⅡ的故事顺利落下了帷幕之后，如今时间轴再一次回到了最初代的时间之前。芳乃樱是一位元气活泼的小学三年级女生，每天和好友朝仓纯一与白河小鸟一起到风见学园上学，不过在她的身上却有着大家不为人知的秘密……
