真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
——自由，是何等美丽，又是何等残酷呢 逃离了恩典农场的15个孩子。抛弃虚假的乐园、追求自由的他们，面临的是从未见过的植物和动物，以及追赶而来的“鬼”……外面的世界虽然美丽，但他们所面对的又过于残酷。但孩子们不会放弃。他们在来自“密涅瓦”的信息以及诺曼留下的一支钢笔的引导下，向着明天进发。为了实现前去迎接留在农场的“家人”这一约定。
