所谓 PET 称的是有着改变他人记忆的超能力少年，他们被黑社会管理操控来替黑社会达成不可告人的目的，而这群「PET」的领袖为了拯救自己的同伴居然从黑社会手里逃走了。 人类的记忆很多但是高兴的记忆堆在山上，不愉快的记忆则是放在谷底，而正是在这山谷起伏之间一个人才能够得以存在。 能够修改他人记忆的「PET」们自身凭借自己的记忆建立起的超越家人的信赖关系，很多时候记忆是会骗人的甚至是自欺欺人，我们自己也会不经意间修正不喜欢的记忆，至少让自己觉得这些记忆好看一些。
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境
故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片。有一天遇到了从凛手上逃出来的万花筒之杖，并被强制变成魔法少女，成为魔法红宝石的持有人，被魔法红宝石的原主人凛强制要求帮其收回卡片。借由魔法红宝石的力量变身为魔法少女·Prisma伊莉雅。平常喜欢看魔法少女的动画DVD，所以愿望是成为魔法少女。就读穗群原学园小学部，兴趣是看动画。跑50米短跑总是不输给男生，但是却输给美游。因处理地脉正常化的仪式出了差错，导致从伊莉雅身上分离出来并实体化的人格。皮肤较伊莉雅黝黑，发色也偏银色，服装类似Archer，但比较裸露。性格较伊莉雅来的狡猾，但除了凛、露维亚、美游及伊莉雅的母亲外，没人认得出来她不是伊莉雅，为了方便和伊莉雅区别，而被凛取名叫“小黑”，而克洛伊·冯·爱因兹贝伦为自己掰出来的名子。原本为了抹除伊莉雅而不择手段的攻击，但被凛及露维亚活捉，并被下了共享痛觉的血印诅咒，计划因此泡汤，之后转学到伊莉雅班上。伦敦时钟塔的魔术师，魔法红宝石原持有人，根据大师傅的命令而与露维亚一起来到冬木市进行卡片的回收工作。擅长的魔术是宝石魔术，本期时钟塔的首席候选。刚刚留学。因使用魔法少女的力量与露维亚争执，而被红宝石抛弃。本作的凛个性较为活跃；服装也较为多变与少女化倾向。而第二部开始，因为宝石用完却没钱补充的关系，便在露维亚的家中担任女仆，对士郎有好感。与凛一起回收卡片任务的魔术师。魔法莎菲亚的原持有人，由于在冬木市的上空与凛开始争执而被魔法蓝宝石抛弃。芬兰人，是魔术世家艾德费尔特当家，虽然非常富有但本身却非常讨厌无谓的花费；和远坂凛同样擅长宝石魔术，曾说过：“荷包的深浅之别就代表战力之间的决定性差距！”在时钟塔留学时遇见与自己能力类似的远坂凛，因个性不合导致两人交恶，甚至是已经到了水火不容、一山不容二虎的地步，每次一见面绝对是以开战收场，对士郎有好感，总会妄想自己与士郎结婚的未来。自称爱和正义的魔法杖。被称之为愉快型魔术礼装，虽然是人工天然精灵但是性格恶劣。第二魔法的应用的一级品的魔术礼装。能够使用多元转变，让使用者能够下载平行世界的技能。在变身的同时能够让使用者使用A级的魔术障壁、物理保护、促进治疗、身体能力强化等常备能力。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
