在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
故事发生在一个名为“弗洛尼尔德”的架空世界之中，迦雷特狮子团的公主蕾昂米修莉（小清水亚美 配音）带领着她的精锐部队大举入侵邻国比斯科迪共和国，身为共和国的公主，米希奥蕾（堀江由衣 配音）深深的为祖国的未来担忧着，无奈之下，她决心向异世界发出求救的信号，希望那里有人能够成为国家的救星。 泉真红（宫野真守 配音）只是一介平凡的日本少年，然而，正是他受到了米希奥蕾的召唤，来到了弗洛尼尔德，在这里，他结识了个性认真的艾克蕾尔（竹达彩奈 配音）、聪慧过人的利歌塔（水树奈奈 配音）和成熟稳重的尤基卡泽（阿澄佳奈 配音）等人，在和蕾昂米修莉的战斗中，泉真红和伙伴们的羁绊也在加深着。
