向明神亚贵下跪吧。
时为20XX年——因冤罪而被收监在刑务所的阳菜。在那里等着她的是，美貌的看守·明神亚贵所带来的冷酷且甜美的支配……。“不要以为能从黑翼刑务所……能从本大爷的手里逃走喔？”身体检查中、牢狱中、甚至在与恋人的会面中都……，心灵和身体都被肆意玩弄的阳菜会迎来怎样的命运——！？
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。 时间是公元2242年，失去记忆而沉睡的梅加斯，迎来了觉醒的时刻一-
在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。伊出不登场。随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。月和L的初次见面的地方变更为放映室。L想到了基拉对第二个基拉的回答。松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。三堂从建筑物坠落死亡。纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。奈南川是交通事故。
