在蝴蝶屋结束修业之后，炭治郎等人抵达了下一任务的地方“无限列车”。在那里，短时间内有四十多人失踪。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助一行人，与鬼杀队的最强剑士“柱”之一的炎柱炼狱杏寿郎会合了。在通向黑暗的无限列车中，他们将面对潜伏在此的鬼。
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在死神界有留克的死神追加了讲述月亮的场面。
伊出不登场。
随着夜神总一郎心脏病发作的场面被删除，他在第二次基拉事件时看电视的地方也从医院的病房变成了街头。
月和L的初次见面的地方变更为放映室。
L想到了基拉对第二个基拉的回答。
松田误入松柏集团会议室时做弥撒的地方，从工作间改到搜查本部的房间。
在雷姆消失的场面中，留下雷姆笔记本的描写和月亮拾到笔记本的描写被删除，第三本笔记本的情节全部被省略，与《光环2》相连接。
L的墓前，追加了日本搜查本部的成员宣誓的场面。
部分干部的死因，从心脏麻痹一律改为个别死因。
三堂从建筑物坠落死亡。
纸村伫立在车站的铁轨上，被电车轧死。
奈南川是交通事故。
无边无际的蓝天和碧海。这一天，三津东高中举行了班级之间的赛艇比赛。担任划桨手的二年级学生村上悦子确信自己会输，于是停止了划桨。自己也找不到想做的事。每天都在家和学校之间往返，很无聊。 有一天，悦子的班上来了一个名叫高桥梨衣奈的转校生。在海边观看完赛艇比赛后，虽然已被废社，但她仍然对初次见面的悦子热情地说“我想加入赛艇社！”。在村上悦子和发小佐伯姫的帮助下，赛艇社复活了，同年级的兵头妙子、井本真优美也加入了社团。原本打算只挂名的村上悦子也开始划船了，5个初学者开始了紧张的训练。 赛艇社在大赛预选赛上惨败，这使她们清楚了自己的水平，她们下定决心下次一定要赢。曾经本各无交集的村上悦子等5人，现在开始了丰富而热烈的每一天。
本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。 时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber，尽管如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……
