工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
春日部防卫队在“春日部儿童娱乐节”舞蹈比赛中，获得胜利，他们因此得到了前往印度的机会。在尽情享受印度旅游的过程中，小新和阿呆进入了一家神秘的杂货店，在那里发现了一个形状像“鼻子”的背包并买下了它。然而，这个背包隐藏着一个非常可怕的秘密。
春鸟鸫（千菅春香 配音）是一位十四岁的平凡少女，她即将进入著名的死神武器工匠专科学校开始崭新的高中生活，在入校第一天，小鸫就幸运的遇见了EAT的玛嘉（小见川千明 配音），玛嘉送给了小鸫一本书，就此彻底虏获了小鸫的芳心，小鸫甚至因为憧憬玛嘉，而像她一样扎起了双马尾。 多多音美美（悠木碧 配音）是小鸫的室友，个性大大咧咧，呆萌又迟钝，常常连自己的名字都忘记。阿尼娅（早见沙织 配音）是小鸫的另一位室友，样貌高贵美丽的她却对庶民的一切有着狂热的兴趣，虽然个性傲娇却有着意外可爱的一面。三个女孩在学校的精彩生活就此拉开了序幕。
由于残忍的分尸杀人事件频发，世界各地人民陷入一片惶恐不安之中，然而元凶却是人类未曾意料到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫侵入人类或动物身体后，以寄生脑部为目标，寄生完成后与脑部细胞同化，管理这个“死掉的身体”。它们能任意变形，能够迅速吸收掌握人类知识，而它们的食物便是寄生体相同的物种。 普通高中生泉新一（岛崎信长 配音）某天被一只奇怪的虫子侵入身体并吞噬了右手，自此他不得不与寄生生物“右”共存。本性正直善良的泉新一不敢将这一变故告诉家人和朋友，然而他喜欢的人村野里美（花泽香菜 配音）似乎留意到他身体的变化。为了被寄生生物杀死的亲友以及所有人类的未来，泉新一决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。
