21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。 从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。 但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。 获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。 但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。 魔法少女的战斗没有结束——
幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。 在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……
结城頼（森久保祥太郎 配音）和结城郁（中原麻衣 配音）是一对双胞胎兄妹，感情十分要好的两人甚至在童年时期许下了结婚的懵懂诺言。可是，随着年岁的增长，郁发现曾经温柔的頼对自己的态度越来越冷淡，着让她感到十分的疑惑。 頼和一直追求自己的女生楠友华（川上伦子 配音）开始了交往，但这更让他感受到对妹妹的无法遏制的感情。同时，哥哥交女朋友的消息也让郁开始逐渐正视起了自己心中的不安和骚动，几经波折，兄妹二人终于相互吐露的心声。然而，这是一段注定要受到斥责和诅咒的爱情，世界如此之大，却也容不下小小的，相爱的两人。在痛苦和绝望之中，兄妹二人会做出怎样的选择呢？
