公元2200年，碳基星球再次爆发“碳灾”，“碳魔”卷土重来，使得星球生灵涂炭。为了拯救家园，核精灵队长秦羽鹭与何小光重组核精灵战队，最终，他们将“碳魔”重新净化。碳基星球恢复往日安宁，何小光和秦羽鹭也继续他们的环保事业。
南宋临安，小白五百年后终于觅得阿宣的转世—许仙，二人断桥相遇。小白小青隐身街巷，和许仙还有姐夫李公甫一起开始了人间的热闹生活。却不想杭州城中突发怪事，金山寺法海除妖而来，意外揭开了小白和小青的蛇妖身份，许仙惊恐目睹小白化身巨蟒……浮生中这一场生死情劫，许仙值得吗？
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
第12季讲述了白月初被涂山雅雅带到危险的“圈外”发动了她的独门绝技镜花缘，唤醒了白月初失落的记忆，揭开了东方月初当年是如何在道盟推动人和妖和平的背后故事。
