ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
我一定会拯救你。在打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当——培提其乌斯·罗曼尼康帝之后，菜月昴和爱蜜莉雅又得以重新开始。克服了艰难的诀别，两人终于和解，然而这只是新一轮风波的序幕。超乎想象的绝境危机，接踵而至的残酷现实。少年将再次直面残酷的命运。
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。 时间是公元2242年，失去记忆而沉睡的梅加斯，迎来了觉醒的时刻一-
青春期综合征―― 传闻中由不稳定的精神状态引发的奇妙现象。 曾于高中时期 邂逅过各类青春期综合征少女的 "梓川咲太"也已成为大学生。 作为国民级人气女演员的恋人"樱岛麻衣"一同 考入金泽八景某大学的他， 在校园里发现了一位不合时令的迷你裙圣诞少女。 吃了一惊。 "你居然能看见我啊" 似曾相识的台词。 自称正在派送青春期综合征的 迷你裙圣诞少女向咲太宣告： ......我的名字是雾岛透子 社交平台流行的预知梦、身份不明的网络歌手、骚灵现象， 伴随着种种谜团，与令人心旌摇曳的少女们交织的奇幻物语再度开启。 青春期永不终结――
宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧 配音）、美树沙耶香（喜多村英梨 配音）、巴麻美（水桥香织 配音）以及佐仓杏子（野中蓝 配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰（斋藤千和 配音）作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。 晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊……
少女小说家的高代槙生在姐姐夫妇的葬礼上，面对被亲戚们互相推诿的姐姐的遗孤·朝无法视而不见，顺势决定收养她。但是把侄女带回去之后，不善交际的槙生才发现自己不适合和谁一起生活。于此相对，不认生的朝面对“不像大人的大人”的槙生却也坦率的接受了。女王和如小狗般侄女就此展开了同居生活……
