ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。 魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神的私生子的事败露了。因为畏惧魔神的“蓝炎”，同伴们与奥村燐之间的距离…… 在那样的时候，学园最深部被封印了“不净王的左眼”被不明人员偷窃，奥村燐等人陷入到了无法预料的事态。
幸平创真（松冈祯丞 配音）出生于料理世家，其父经营着一间家庭餐馆，小小年纪的幸平即将父亲当做了榜样，发誓成为父亲那样的料理家。某一日，父亲找到了幸平，希望他能够进入顶级的料理学校“远月学园”深造磨练，背负着父亲的期许，幸平踏上了旅程。 在学校里，幸平结识了名为薙切绘里奈（种田梨沙 配音）的少女，这位传说中拥有“神之舌”的傲娇少女，竟然将幸平所作的料理判定为“不合格”。外表热情开朗内心极有城府的一色慧（樱井孝宏 配音）、拥有孱弱身体和强大头脑的丸井善二（小林裕介 配音）、活泼开朗的吉野悠姬（内田真礼 配音），与这些“同行”交流着，竞争着，幸平还有很长的路要走。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
