经过重编的新故事，分上集《背叛之翼》和下集《太阳之翼》播出，剧情与TV版完全不同。
Pocket Monster，简称为宝可梦Pokemon。 它们是这颗星球上的不可思议生物。 空中、海中、森林中、城镇中，世界各处都能见到它们的身影。 这是期望在宝可梦战斗中成为最强的少年小智，与梦想收服全部宝可梦的少年小豪的故事。 与小智的搭档“皮卡丘”与小豪的搭档“炎兔儿”等众多宝可梦们一起，前往无限延伸的宝可梦世界的冒险就要开始了。 朝着梦想与冒险的宝可梦世界Let's Go！
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
