小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
程恪为追寻艺术辞掉原有工作，与江予夺不打不相识，还成了他的房客，从此开始了新生活。这两个不同工作领域的陌生人一开始冲突不断，从相互嫌弃到互相理解，通过努力和奋斗，各自收获了成功，朝着美好的未来前行。
为揭开秦烈里魂的秘密，本季中时光将回朔到秦烈刚刚加入器具宗外宗之时。彼时秦烈经李牧指点，为了寻找凌语诗，秦烈排除障碍通过了器具宗试炼，加入外宗。在唐思琪的指点下开始进行日常修炼。 由于在入宗考试中惹恼了唐思琪，秦烈在宗门内的生活处处被大师姐刁难。天长日久，二人之间竟然产生了一些不可名状的情愫。而这些也都被意图篡取宗门之位的梁少扬看在了眼里。期初梁少扬只是为了宗主之位接近唐思琪，但经过一段日子的接触，梁少扬也对大师姐产生了特殊的感觉……
魔晶学院近在咫尺，千瑞，御风和乌拉拉却被挡在了门外。失落的大家遇到了学长吉吉特，在吉吉特的帮助下，千瑞他们认识了绿色学院的长老天劫，还阴差阳错的获得了考试资格。大家一路过关斩将，顺利通过了五大长老严苛的考试，终于成为了魔晶学院的学生！然而当初答应天劫长老的要求，却让大家惹祸上身，一场大战在所难免。而魔晶学院16年前的秘密也逐渐被揭开。
