小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力，没有选择独行倒卖，而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白，并当众展示穿越能力，将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部，开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土，以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时，末世黑科技反向赋能现世，推动科技跨越式发展，也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开，展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。
原《妖神记》第381集即为《妖神记 第九季》第1集。 聂离与炎阳圣子两人里应外合摆了离火圣子一道，得以从虚影神宫中全身而退。代理宗主之战，龙天明勾结妖神宗高手重创司徒北炎，聂离自边境收复神族后裔参战，力挽狂澜大胜龙天明，羽神宗主正式传位于聂离。灵神羽焰提醒聂离务必返回小玲珑世界找到“时空妖灵之书”。聂离前往天音神宗召回叶紫芸、肖凝儿 ，打开小玲珑世界封印，救光辉之城于倒悬。
