在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
萧炎，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。家族百年之内最年轻的斗者！ 三年之前，这名声望达到巅峰的天才少年，却是突兀的接受到了有生以来最残酷的打击，他辛辛苦苦修炼十数载方才凝聚的斗之气旋，一夜之间，化为乌有。而且体内的斗之气，也是随着时间的流逝，诡异地变得越来越少导致其实力不断地后退。一夜间，沦落成了路人口中嘲笑的废物！ 种种打击接踵而至，就在他即将绝望的时候，一缕幽魂（药尘又作药老）从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！ 原来，竟是有一不死魂魄吸收他的斗气，在药老灵魂停止吸收斗气后萧炎终于天赋重展，（有药老帮助）连连突破，震惊全城。 萧炎重新成为家族年轻一辈中的最强斗者，然而他却不满足于此。 为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的实力…… 在魔兽山脉，他结识了小医仙（厄难毒体），结为好友，抵御妖兽和企图不轨的敌人。他面向的世界更加宽阔。后又在药老的教导下，成为加玛帝国黑岩城最年轻的二品炼药师，（现已是九品玄丹炼药宗师）。为着他的执着与信念闯荡大陆，向着大陆巅峰强者迈进。年仅29岁便晋级斗帝境界并自封炎帝， 30岁成为斗帝，号“炎帝”。 终于，在萧炎坚持不懈的努力和强大存在的帮助下，重新成为了家族年轻一辈的佼佼者，更游历了整个大陆，挑战无数强大而神秘的邪恶势力与大陆上无数传说中的无敌强者，成为大陆巅峰强者。
故事发生在一个名为魔仙堡的魔法世界之中，在这里，魔仙们运用她们所学习到的魔法知识来帮助遇到困难的人们。然而，在这里还是存在着一部分邪恶的魔仙们，她们利用黑魔法来获取利益，破坏世界和平。黑魔仙小月从魔仙小蓝那里偷得了魔仙彩石，这是魔仙们力量的源泉，拥有了魔仙彩石，便可以学习仙界的最高魔法。 带着魔仙彩石，小月躲藏于人类世界之中，为了不让魔仙彩石的力量危害人间，小蓝紧随其后。人类少女凌美琪和凌美雪意外的发现了躲藏在八音盒中的小蓝，三人之间结下了深厚的友谊。小蓝教会了美琪和美雪魔法，两人亦加入了寻找魔仙彩石的队伍中。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了
乐小宇受力奥和剑齿虎的委托，需要穿越到过去不同的时空，寻找分裂成十块的核晶碎片。与此同时，外星钶龙奥米伽为了抢夺核晶，也陆续派出十大钶龙属下前往地球。为了阻止核晶被抢、地球被侵略，乐小宇和同伴福星、立夏先后唤醒了以霸王龙为首的多个远古钶龙加入队伍，共同展开一场又一场惊心动魄的热血冒险历程。
