在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了
天赋异禀的灵宠师樊凌霄，于甲级门派晋升赛上遭人暗算，被自己的灵鲲所吞噬。睁眼醒来却发现自己已化身为一名叫“流锋芒”的少年，身处白府大牢之中，其门派凌霄阁也走到了绝境。为查明灵鲲反噬真相与重振门派，樊凌霄带着现有的几只灵宠，与谷灵、程曦、月彤，一起踏上了全新的冒险之旅。
皇九子赵构在南京应天（今商丘）匆忙登基，群臣都期待这个有英武之名的新皇能够率军抵抗金人的侵略。但短短三个月后，赵构就开启南下逃亡之路。 不过刚一启程，这位赵官家就在亳州明道宫一头栽入了水井中，起来后就谁都不认识了！
熊大、熊二、光头强意外地和来自未来世界的小亮一起穿越到100年后：世界发生巨大灾变，孢子植物全面侵占，人类在末日中艰难求生，整个地球危在旦夕！而这一切的罪魁祸首竟是......光头强？！ 100年前究竟发生了什么？小亮是敌是友？光头强为何背负恶名？人类命运最终会走向何方？熊强三人组能否穿透这层层迷雾，重启未来？
本来只存于游戏世界的妖魔突然在现实世界降临，资深玩家顾青山与最终 boss 同归于尽后，穿越回到末日尚未开始之时，利用战神系统与各种末日灾难、妖魔、邪恶势力展开激烈战斗的故事
